Граждане третьих стран, легально проживающие в Российской Федерации, могут обратиться за получением шенгенской визы в посольство Эстонии в Москве. При подаче документов необходимо дополнительно предоставить подтверждение легального проживания в Российской Федерации (например, разрешение на проживание, долгосрочная виза или регистрация по месту пребывания), действительное в течение минимум трех месяцев после планируемого возвращения из Шенгенской зоны, или документ, подтверждающий тот факт, что заявитель подал документы для возобновления подтверждения легального проживания. Граждане Украины, Республики Северная Македония, Сербии, Черногории, Боснии и Герцеговины, Албании, Грузии, Республики Молдова, Армении, Азербайджана, Белоруссии оплачивают визовый сбор в размере 35 евро. Все остальные граждане третьих стран оплачивают визовый сбор в размере 90 евро.