Транзитная виза через аэропорт (тип А) выдается для входа в международную транзитную зону аэропорта Эстонии, для пребывания в ней и убытия из нее в следующее транзитное государство или в государство назначения, в которое иностранец имеет законное основание въехать. Транзитная виза через аэропорт не дает права на въезд в Эстонию и пребывание в Эстонии.
Краткосрочная виза (тип С) выдается для проезда через территорию Шенгена с целью транзита или для запланированного там пребывания в течение срока до 90 дней в течение любого 180-дневного периода. Понятие «любой» подразумевает применение «плавающего» 180-дневного отчётного периода, который отсчитывается назад от текущей даты. Для контроля разрешённого количества дней нахождения на территории Шенгена советуем использовать калькулятор.
Шенгенская краткосрочная виза может быть однократная или многократная и может выдаваться на срок до 5 лет.